男性NGU一般潜伏期为10~20天。非淋菌性尿道炎的典型症状是尿道疼痛、刺痒和烧灼感，并且伴有或轻或重的尿痛、尿急和排尿困难，但较淋病性尿道炎为轻。分泌物亦较淋病少、稀薄，自行流出现象很少见，当长时间不排尿或晨起 排尿前，尿道外口可溢出少许粘液性分泌物，有时仅有薄薄的痂膜封口或裤裆污染，稍不细心则痂膜即被尿流冲失，检查时尿道口的炎症性水肿为主。同性恋患者则会引起直肠炎肛门灼热，有粘液分泌物。

还有些病人可没有症状，由于发病很缓慢，症状不太典型，加之衣原体感染与其他病原所致泌尿系感染十分相象，白*不高，体温正常，致使此类病人至少有60 以上初诊时被误诊。

并发症：附睾炎一般常与尿道炎同时存在。通常35岁以上的附睾炎由尿道内细菌积留引起，35岁以下的附睾炎中50 是由衣原体所致，附睾多为单侧肿大，坠痛。

有专家认为前列腺炎是衣原体侵入人体所引起的变态反应性疾病。此推断尚无充足论据。症见前列腺部轻度疼痛，会阴部和外生殖器在性欲高潮时疼痛加重。肛门指检前列腺肿大、柔软。前列腺按摩液内无淋球菌、WBC5/HP以上。

Reiter综合症，少数病人患有，患者为血清HLA—B27 单倍型抗原遗传倾向者，表现为角膜炎、关节炎、尿道炎、结膜炎和皮疹。

北京京城皮肤医院建议患者，尽早发现病情尽早治疗。